아틀라스는 첫번째 초거대 수송선 내글페어에 설치되었다. 나머지 세 수송선, 아르고와 세이렌고, 그리고 레이건은 네글페어의 뒤를 따르도록 프로그램되었다. 후세 사람들이 "긴 수면"이라고 부르게 된 이 여행동안 아틀라스는 동면 상태에 들어간 인간들의 상태를 끊임없이 점검하였다. 죄수들의 유전자에 잠재한 다양한 돌연변이와 발전 가능성을 평가하는 가운데 아틀라스는 일부 DNA에 강력한 전염성을 지닌 돌연변이가 있다는 사실을 발견하였다. 이 돌연변이 DNA를 지닌 죄수의 수는 1 퍼센트도 채 되지 않았지만, 이 DNA는 인간 두뇌에 잠재한 초능력을 발현시키는 능력이 있는 것으로 보였다. 아틀라스는 죄수들이 식민지를 건설하는데 성공 한다면 몇 세대 지나지 않아 초능력 돌연변이의 혜택을 받을 수 있을 것으로 판단하였다. 이 발견은 즉각 지구로 전송되어 도한 라우스의 기록 속에 포함되었다.
그러나 원래 일년으로 예상되었던 이 여행은 갑작스러운 반전을 맞이하게 된다. 여행 도중 아틀라스에 연결된 항법 시스템이 원인을 알 수 없는 고장을 일으켜 간트리스VI 뿐만 아니라 지구의 좌표조차 함께 삭제되고 만 것이다. 덕분에 네 척의 수송선들은 약 삼십년 간에 걸쳐 정처없이 방황하게 된다.
네척의 초거대 수송선의 워프 엔진은 삼십여 년에 걸친 혹사를 이기지 못해 고장을 일으킨다. 결국 28년에 걸친 워프 여행이 끝나고 거대한 우주선들은 정체를 알 수 없는 태양계의 외곽에 그 모습을 드러냈다. 지구에서 60,000 광년이나 떨어진 곳에서 엔진은 고장나고 생명유지 능력은 거의 고갈된 상태로 수송선들은 비상시 행동 규칙에 따라 인간이 살 수 있는 가장 가까운 행성을 향해 돌진한다. 레이건과 세이렌고는 앞으로 '우모자'라 불리게 될 행성에 비상 착률한다. 대기권 진입 과정에서 심각한 시스템 고장을 겪은 세이렌고는 행성 표면에 그대로 돌입하여 8,000 명의 승객과 함께 산화한다. 그 보다 운이 좋았던 레이건은 비교적 순조롭게 착륙할 수 있었다.
착륙에 성공하자 동면실의 문이 열리고 생존자들이 서서히 잠에서 깨어나기 시작했다. 자기들의 위치와 얼마나 동면 상태에 있었는지 확인하려던 승객들은 아틀라스의 시스템이 어떤 이유에서인지 자신들의 여행에 관한 기록을 모조리 삭제했다는 사실을 발견하게 된다.
아르고는 붉은 행성 '모리아'에 착륙하였다. 아르고의 승객들 역시 레이건처럼 여행에 대한 기록이 모두 삭제되었다는 사실을 발견한다. 네이글파의 승객들만이 컴퓨터에서 자신들의 상황을 파악할 수 있었다. 아틀라스에 접속한 그들은 자신들이 다시는 지구로 돌아갈 수 없다는 사실을 알게 되었다. 비록 비옥한 행성인 타소니스에 착륙했음에도 불구하고 수송선 네이글파가 완전히 부서지고 말았기 때문이다. 낯선 세 행성에서 살아남은 조난자 들은 난파한 수송선의 부속을 뜯어 새로운 세계에 살아남기 위한 피난처를 건설하기 시작하였다.
